Koerte kastreerimata vaktsineerimine põhjustab mõnikord koertel muutuvaid kõrvaltoimeid. Kõigil koertel ei esine olulisi inokuleerimisi kõrvaltoimeid, kuid paljudel on kõrvaltoimed, mis tunnevad ja käituvad. Mõned neist on kerge ja vähe muret, kuid kui see on pikk, võib see osutuda tõsisemateks probleemideks. Teised, mis on raskemad, nõuavad kohe veterinaararsti tähelepanu. Lemmikloomade omanikele on oluline teada, et koertel on katkestatud vaktsineerimised.
Kuigi kõrvaltoimed on haruldased, võib koera mikrokiipimine mõnikord toota mitmesuguseid mõjusid nagu ajutist verejooksu, juuste väljalangemist, infektsiooni, abstsessi ja mikrokiipide rännet.